微生物群落多样性——LEfSe分析

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 一、LEfSe的定义

       LEfSe分析即LDA EFfect Size分析，是一种用于发现和解释高维度数据生物标识(基因、通路和分类单元等)的分析工具，可以进行两个或多个分组的比较，它强调统计意义和生物相关性，能够在组与组之间寻找具有统计学差异的生物标识(Biomarker )。

二、LEfSe结果分析

       一般在微生物多样性分析结果中，会出现两个图，一张表(LDA值分布柱状图、进化分支图及特征表)。

1.LDA值分布柱状图

        条形图展示了LDAscore大于预设值的显著差异物种，即具有统计学差异的Biomaker，默认预设值为2.0(看横坐标，只有LDA值的绝对值大于2才会显示在图中）；柱状图的颜色代表各自的组别，长短代表的是LDA score，即不同组间显著差异物种的影响程度。

2 、进化分支图

 小圆圈：图中由内至外辐射的圆圈代表了由门至属的分类级别(最里面的那个黄圆圈是界)。不同分类级别上的每一个小圆圈代表该水平下的一 个分类,小圆圈的直径大小代表了相对丰度的大小。
颜色：无显著差异的物种统一着色为黄色 ,差异显著的物种Biomarker跟随组别进行着色,红色节点表示在红色组别中起到重要作用的微生物类群。蓝色节点表示在蓝色组别中起到重要作用的微生物类群。

未能在图中显示的Biomarker对应的物种名会展示在右侧,字母编号与图中对应(为了美观，右侧默认只显示门到科的差异物种)。

 3、特征表

三、

四、LEfSe分析中的检验

1、参数检验与非参数检验的区别

秩和检验:

       秩和检验是-种非参数检验法,它是一种用样本秩来代替样本值的检验法。根据样本分组的不同可分为两样本Wilcoxon秩和检验和多样本Kruskal-Wallis检验。