CNVnator软件的安装

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1. 下载CNVvator

CNVvator软件比较难安装，其依赖root软件等

下载地址

点击其release，下载最新版本v0.4.1(CNVnator_v0.4.1.zip) 

2. 安装依赖 root 软件

root 的下载地址 root , 选择下列Ubuntu 20版本

 解压root压缩包：

解压 tar -zxvf root_v6.22.08.Linux-ubuntu20-x86_64-gcc9.3.tar.gz 将root配置/.bashrc环境中 export ROOTSYS=/data/home/hgzhong/home/software_set/root/root export PATH=/data/home/hgzhong/home/software_set/root/root/bin:$PATH export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$ROOTSYS/lib

3. 安装CNVvator软件

 下载cnvnator软件包 git clone https://github.com/abyzovlab/CNVnator.git cd CNVnator unzip CNVnator_v0.4.1.zip 将samtools软件目录软链接至cnvnator的src目录 ln -s ~/miniconda3/bin/samtools ./samtools 编译 make

ln -s ~/miniconda3/bin/samtools ./samtools（samtools的解压文件夹，不是安装文件夹！！！）

ln -s /path/to/SOURCE/root root_build

软连接非常关键，相当于在cnvnator文件里建立了samtools和root文件夹的快捷方式（如果samtools软连接有问题会报错：AliParser.hh:10:17: fatal error: sam.h: No such file or directory；如果是root软连接有问题会报错：HisMaker.hh:15:20: fatal error: TFrame.h: No such file or directory。）

结果报错，显示samtools不是一个目录，由于自己 samtools 是利用conda自动安装的

安装依赖包samtools

首先下载Samtools和hislib软件 

samtools hislib

先安装hstlib tar -xvf htslib-1.17.tar.bz2 #解压 cd htslib-1.17 编译 autoheader 生成一个autom4te.cache目录 autoconf ./configure 编译 接着安装samtools 创建一个新环境 conda create -n python310 python=3.10.10 conda activate python310 进入至samtools目录下 tar -xvf samtools-1.17.tar.bz2 cd samtools-1.17 编译 ./configure make make install 

参考文章 非root用户安装ncurses-devel依赖 

注意：./configure –prefix=/home/hgzhong/ncurses –with-shared –without-debug –without-ada –enable-overwrite 时，需指定ncurses的路径

installing ./cursesapp.h in /home/wlf/ncurses/include/ncurses installing ./cursesf.h in /home/wlf/ncurses/include/ncurses installing ./cursesm.h in /home/wlf/ncurses/include/ncurses installing ./cursesp.h in /home/wlf/ncurses/include/ncurses installing ./cursesw.h in /home/wlf/ncurses/include/ncurses installing ./cursslk.h in /home/wlf/ncurses/include/ncurses installing etip.h in /home/wlf/ncurses/include/ncurses make[1]: Leaving directory `/home/wlf/ncurses-6.2/c++' 

出现上述界面则说明ncurses-dev库安装成功了。

3.编译samtools 软件

安装好hstlib和ncurses-devel后，重新安装

接着安装samtools 创建一个新环境 conda create -n python310 python=3.10.10 conda activate python310 进入至samtools目录下 tar -xvf samtools-1.17.tar.bz2 cd samtools-1.17 编译 ./configure --prefix=local/samtools/ --without-curse --disable-lzma 指不选择依赖lzma来压缩 make 安装 make install 将samtools添加到环境变量中 export PATH=/path/to/samtools/bin:$PATH 

链接samtools和root软件目录到cnvnator的src目录

ln -s /opt/samtools-1.13/ ./samtools

ln -s /opt/root/ ./

然后编译make