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关于Kaiju
Kaiju是一款直接通过宏基因组数据Read获得物种注释信息并计算读数与相对丰度的软件。它的主要方法是将Read核酸序列翻译为蛋白序列然后在相应的数据库中进行精确比对，确认物种分类信息。
Kaiju 安装与数据库下载
Kaiju的安装可以参考其Github上给出的步骤。
由于Kaiju的运行需要参考数据库的比对，所以提前要下载好数据库，数据库可以通过kaiju-makedb命令下载。但是由于我这边不能直接用网关账号登录的服务器进行下载，所以是在组里对外服务器上下载的，可以去Kaiju web server下载，该页面左侧显示了下载链接，复制链接后使用wget命令就可以下载了。
我下载的数据库是：NCBI BLAST Nr库，下载下来后是tgz格式，用tar xzvf命令解压就可以了，解压后会得到3个文件：
names.dmp nodes.dmp kaiju_db_nr_euk.fmi 这三个文件需要在运行kaiju时指定，存好记下绝对路径就可以了。
Kaiju主程序
kaiju -z 64 -t ~/softwares/kaiju/kaijudb/nodes.dmp \ -f ~/softwares/kaiju/kaijudb/kaiju_db_nr_euk.fmi 免责声明：本站所有文章内容,图片，视频等均是来源于用户投稿和互联网及文摘转载整编而成，不代表本站观点，不承担相关法律责任。其著作权各归其原作者或其出版社所有。如发现本站有涉嫌抄袭侵权/违法违规的内容,侵犯到您的权益，请在线联系站长,一经查实,本站将立刻删除。 本文来自网络,若有侵权，请联系删除，如若转载，请注明出处：https://haidsoft.com/158747.html
