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1.药物靶点 vs 配体 vs 受体（药物靶点=受体=大分子蛋白，与配体/小分子结合）
- 配体(Ligand):
配体是能够结合到蛋白质或其他大分子上的小分子，比如药物分子、激素、神经递质或辅因子等。 - 受体(Receptor):
受体是生物体内的大分子，如蛋白质，它们具有特定的结合位点，能够识别并结合特定的配体。
也就是说，药物靶点是药物作用的分子目标，配体是与靶点结合的分子，而受体是一种特定的药物靶点。即大部分情况下，药物靶点=受体=大分子蛋白，与配体（小分子）结合。
2.网络药理学的由来与分子网络的定义
举例：1级是药物成分，2级是成分作用的靶点，3级是靶点调控的信号分子。
一个药物之所以能治病，就是因为在人体内有着如上的1级、2级、3级这样层层传递的瀑布效应，最终具体落到的是分子层面。
如上，一个宏观的疾病表现，譬如为器官化脓包块，其微观的机制实际上是因为器官相关的细胞损伤，细胞损伤的实际是因为细胞相关的分子异常。这些分子，从疾病发生的角度叫诱因，从药物治疗的角度叫靶点。
而分子与分子之间的关系，就叫分子网络。
所以综上，疾病发生的原因，是分子网络的变化。而药物治疗的机理正是调节这些分子网络。
所以我们通过分子网络为核心就可以把疾病和药物联系到一起。这也是为什么叫“网络药理学”。
3.为什么我们需要筛选活性成分（药物的定义）
4.为什么分子=靶点=蛋白=基因？（为什么药物-靶点相互作用=分子间相互作用=蛋白间相互作用）
往往在一篇网络药理学的文章或者视频中，以下概念是相等的，这是一种需要结合上下文语境的约束了的简化的说法而已：
- 成分=有效成分=化学成分=活性成分=化合物=小分子
- 分子=靶点=蛋白=基因。
在这里不要过于纠结，本人刚开始学习的时候也产生诸多疑问，譬如
- 啊？刚刚在【1.网络药理学的由来与分子网络的定义】的瀑布效应不是说2级是靶点，3级是分子嘛？为什么这里又说分子=靶点呢？
- 靶点不也有核酸、糖类或者是脂质嘛？为什么靶点=蛋白？
- 为什么蛋白=基因啊？完全不是一个东西啊？
- 因为药物分子设计来与特定的靶点结合才能产生治疗作用，我们讨论也是讨论的这一小部分分子，所以有时将分子和他们特定的靶点互相代指。
- 因为多数药物靶点是蛋白，譬如当抗体为药物时，抗原就是靶点，而多数抗原是蛋白，所以我们有时候将靶点和蛋白互相代指。
- 因为蛋白质是由基因编码的，药物大多数是通过影响蛋白背后的基因表达来调控蛋白水平的，所以我们有时候将蛋白和基因互相代指。
5.为什么我们需要分子对接
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