windows10环境下,primer premier 5怎么做引物设计

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不算创新,相关题材很多,只是写个教程而已;怎么绿色安装primer 5 ? 这个还请自行百度,搜搜也行,google更没得说;

有详细问题也可以站内信问问,不过大概率没多少时间在这打字(wx.188_9348-4389)…..

什么什么?windows10用不了primer 5??不可能,试试大写锁定,试试英文输入法状态下运行软件,可以的;不会?我也没招。

下面进入正题:

1)要系统不报错,必须是英文环境下运行primer5,即大写锁定之后打开程序,或者打开primer5之后什么也别做,先切换输入法为英文,继续操作不会出错;

2)结果打印//导出,这个具有虚拟打印机功能的都可以,一般安装了wps、office pro plus、acrobat pro、foxit pdf reader等均会默认安装虚拟打印机;

3)输入核酸序列:长度需≤5000 bp,超过此范围可能会不支持;

4)引物设计过程:输入核酸序列后,依次点击  Primer–Search–选择参数;

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5)参数选择:

Product size: qPCR长度理想状态81-150;不超过300bp; 普通PCR最好是300以上,3000以下;根据实际情况选择;

Sense primer/Anti sense primer即引物的位置,根据需要设置;

Primer Length: 引物长度,18-25bp均可;下面bp后面那个“?”,那是±的意思;这个参数可反复修改,直至找到合适的;

Search Mode:Automatic自动//Manual手动,均可;优先自动,自动条件下找不到合适的就该手动,一般都能找到合适的;

Search Parameters:重点说一下手动模式下的参数选择(这时候,说明评分很理想的不容易找到,那边放宽些条件:tm 55-68(推荐58-63,最起码不要低于50吧); GC 30-70;degeneracy可不选;3‘ end stability可不选;其余默认即可,一般都会有可用引物出现。

设置好了点OK开始查找,弹出面板点OK出来结果;】

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6)结果解读,对于标红的参数,绝对值小于6的基本均可忽略;

       Rating数值,没有95以上的行不行?80以下的能不能用?不要迷信这个,这些都不重要;个人从高分文章中摘到的引物,用其引用的NCBI原始序列,进行引物匹配,发现评分70多;人家也能做出来,且发好文章;因此这些不是最关键的,你最关键之之前的结果才最重要;

7)最后,及时Rating全100,也未必就能P出来好的结果,因为你真正跑pcr时,模板往往是整个基因组,这时,原先评分高的,现在不一定就高;存在一定的运气在里面;方案就是,多合成几对,比如一个目的基因,合3对或以上;总有好结果的。

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