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一、中性学说
分子水平上，生物的演化或物种的进化并不是自然选择引起的，而是由中性/近中性的突变等位基因经过遗传漂变引起的，从而形成分子水平上的进化性变化或种内变异。
分子演化的驱动力：遗传漂变
1、突变大多是中性的，对生物个体的生存既无害处也无益处
2、中性突变经过随机的“遗传漂变”固定，在分子水平上进化不依赖于自然选择
3、中性突变决定进化的速率，对于所有生物几乎是恒定的
二、正选择vs负选择
正选择（positive selection）：自然选择“选留”一些稀少的等位基因，拥有这些等位基因的个体能繁殖更多的后代；这样的突变基因往往具有与原来基因不同的功能，而且该功能使得拥有它的生物更能适应环境。
负选择（negative selection）：指群体中出现有害突变等位基因时，携带该等位基因的个体会因为生存力或育性降低而从群体中淘汰，也叫净化选择。
选择清除vs背景选择
选择清除：在有利突变产生后被正选择固定的过程中，与之连锁的中性位点的变异也被固定。
背景选择：负选择在清除有害突变时，也会随之清除与其连锁的中性位点的变异。
选择清除和背景选择都会导致基因组上受选择的区域遗传多样性下降，两者很难区分，但背景选择在群体中不会导致高频等位基因突变出现。
三、 群体分析
群体分析一般可以分为，分层分析和选择分析。分层分析可以定义为，基于群体内个体之间基因序列上的差异。群体选择分析是在群体水平在基因组不同区域遗传多样性的差异。
1. 分层分析
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