由一条含简并碱基的核酸序列生成多条不包含简并碱基的核酸序列

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# 程序目的：由一条含简并碱基的核酸序列生成多条不包含简并碱基的核酸序列。
# 过程：
# 1.遍历每个碱基，查找其是否属于简并碱基，并返回列表(属于简并碱基)或者碱基(不属于简并碱基)。
# 2.如果属于简并碱基。循环遍历返回简并碱基的列表，并把碱基分别添加到reduce_primer列表的每个核酸序列的末尾。新生成的过渡列表list_mid替换原来的reduce_primer列表。
# 3.如果不属于简并碱基。则把返回的非简并碱基分别直接添加到reduce_primer列表的每个核酸序列的末尾。新生成的过渡列表list_mid替换原来的reduce_primer列表。
# 4.如此循环，直至遍历raw_primer完成。
# 5.保存结果到tsv表格。

# 创建一个将简并碱基映射到可能碱基的字典 degeneracy_map = { 'R': ['A', 'G'], 'Y': ['C', 'T'], 'M': ['A', 'C'], 'K': ['G', 'T'], 'S': ['G', 'C'], 'W': ['A', 'T'], 'H': ['A', 'T', 'C'], 'B': ['G', 'T', 'C'], 'V': ['G', 'A', 'C'], 'D': ['G', 'A', 'T'], 'N': ['A', 'T','G', 'C'] } def resolve_degeneracy(degenerate_base): """函数说明：查询输入的碱基是否属于简并碱基，并返回列表(属于简并碱基)或者碱基(不属于简并碱基)""" # 检查碱基是否是简并的 if degenerate_base in degeneracy_map: # 如果是，从映射中选择一个碱基 return degeneracy_map[degenerate_base] else: # 如果不是，直接返回该碱基 return degenerate_base def replace_list(list_A,list_B): """函数说明：删除list_A的所有列表元素，再使用list_B的元素来填充""" list_A.clear() for i in list_B: list_A.append(i) return list_A def gc_content(s): """函数说明：读入DNA序列s，计算s中的GC含量""" s=s.upper() #小写字母转换为大写 gcc = (s.count('C')+s.count('G'))/len(s)*100 return gcc # seq='cCGCTTTAAA' # num=gc_content(seq) # print(num) #40.0 def reduce_primer(primer): """该函数用于还原简并引物，并返回多条简并引物的列表""" primer=primer.upper() #小写字母转换为大写 reduce_primer=[] for i in range(len(primer)): # 遍历引物的每个位置 list_mid=[] #保存新生成核酸序列的过渡列表 if len(resolve_degeneracy(primer[i]))>=2: if i==0: reduce_primer=resolve_degeneracy(primer[i]) # print(reduce_primer) else: for j in resolve_degeneracy(primer[i]): for k in reduce_primer: k+=j list_mid.append(k) replace_list(reduce_primer,list_mid) # print(reduce_primer) else: if i==0: reduce_primer.append(resolve_degeneracy(primer[i])) # print(reduce_primer) else: for k in reduce_primer: k+=resolve_degeneracy(primer[i]) list_mid.append(k) replace_list(reduce_primer,list_mid) # print(reduce_primer) return reduce_primer def raw_list_to_multiple_list(raw_list): """ 函数说明：输入原始列表，返回多重列表。 输入原始列表，查询列表元素(核酸序列)的GC含量，然后把GC含量和列表元素保存到一个过渡列表， 每次循环的过渡列表都加入多重列表multiple_list，最后返回multiple_list。 """ multiple_list=[] for i in raw_list: middle_list=[] GC_percent=gc_content(i) middle_list.append(round(GC_percent,4)) #保留4位小数 middle_list.append(i) multiple_list.append(middle_list) return multiple_list def list_save_as_csv(list_input): import csv """函数说明：把多重列表保存为primer.csv文件""" # 创建CSV文件并打开以供写入数据 with open("primer.csv", mode="w") as file: writer = csv.writer(file) # 写入数据 for i in list_input: writer.writerow(i) # 关闭文件 file.close() raw_primer='TWTTWTTWTTAWA' #输入含简并碱基的原始核酸序列。 primer=reduce_primer(raw_primer) #多条核酸序列的列表，里面的核酸序列不含简并碱基。 print(len(primer)) #查看列表里面序列的条数(全部都是不含简并碱基) # print(primer) multiple_list=raw_list_to_multiple_list(primer) #查询GC含量，并保存为多重列表。[[...],[...]...] # print(multiple_list) #查看GC含量和序列 list_save_as_csv(multiple_list) #多重列表保存为primer.csv文件 

备注：在网上没找到使用python写的该类脚本，故自己写一个并分享出来。