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- GenBank 格式是 NCBI 开发的一种能同时包含序列信息和注释信息的文件格式，一般后缀为 .gbff。
- GFF 格式是更为通用的基因结构注释文件格式，一般仅包含基因结构的位置信息，常见后缀为 .gff、.gff3 。
- 在网上找了一圈，感觉将 GenBank 格式转为 GFF 格式的现成工具并不多，有一个是 genbank_to，但是用下来感觉出来的格式不太好，出来的 GFF 格式仍然包含序列信息，而且缺少父母（Parent）关系，无法输入到 gffread 中使用。
- 用 BioPython 是一个不错的选择，保存的格式可以更加个性化，但是需要一定的编程基础；最终下来发现还是用 BioPerl 的bp_genbank2gff3.pl脚本来转换出来的格式比较满意。
- 使用方法（这里使用 Conda 安装，不需要倒腾 Perl）
# 建议新建一个环境来安装 BioPerl, 装在 base 容易出问题 mamba create -n Perl perl-bioperl perl-yaml # 从 CPAN 官网下载脚本 wget https://fastapi.metacpan.org/source/CJFIELDS/BioPerl-1.7.8/bin/bp_genbank2gff3 -O bp_genbank2gff3.pl # 进入 Conda 环境使用 conda activate Perl perl bp_genbank2gff3.pl your_genbank_file.gbff # 运行完成后会在相同位置生成一个 gff 文件免责声明：本站所有文章内容,图片，视频等均是来源于用户投稿和互联网及文摘转载整编而成，不代表本站观点，不承担相关法律责任。其著作权各归其原作者或其出版社所有。如发现本站有涉嫌抄袭侵权/违法违规的内容,侵犯到您的权益，请在线联系站长,一经查实,本站将立刻删除。 本文来自网络,若有侵权，请联系删除，如若转载，请注明出处：https://haidsoft.com/152622.html
