植物学中常用的数据库 | 水稻

植物学中常用的数据库 | 水稻文章列举了多个专注于植物学特别是水稻研究的重要数据库 如国家水稻数据中心 粳稻日本晴基因组注释计划 RGAP Oryzabase 等 这些资源提供种质 基因组 基因表达和变异信息

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《植物学数据库》专题往期文章:

1. 植物学中常用的数据库 | 通用数据库

2. 植物学中常用的数据库 | 拟南芥


植物学中常用的数据库 | 水稻

1. 国家水稻数据中心 http://www.ricedata.cn/index.htm

植物学中常用的数据库 | 水稻
3. 粳稻日本晴基因组注释计划 http://rice.plantbiology.msu.edu/
水稻基因组注释项目数据库(RGAP),主要提供水稻基因组序列和注释数据。
植物学中常用的数据库 | 水稻
4. 水稻功能基因组表达数据库 http://signal.salk.edu/cgi-bin/RiceGE
植物学中常用的数据库 | 水稻
5. 水稻遗传学和基因组学数据库 https://shigen.nig.ac.jp/rice/oryzabase/





  1. 水稻基因组变异及其功能注释综合数据库 http://ricevarmap.ncpgr.cn/v2/
    植物学中常用的数据库 | 水稻

本文是数据参考来源:

  1. https://mp.weixin..com/s/-KKBsCF9CTFxfa-K9w6HOQ
  2. https://mp.weixin..com/s/OLiYgyU56ePBNIOjZaQXyw

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  • 5.第三章 参考基因组序列和注释文件的下载
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  • 8.第四章 Bowtie2进行数据比对
  • 9.第四章 BWA进行数据比对
  • 10.第四章 Tophat2比对
  • 11.第五章 无参考基因组的转录组分析
  • 12.第六章 转录本定量分析

小杜的生信筆記,主要发表或收录生物信息学的教程,以及基于R的分析和可视化(包括数据分析,图形绘制等);分享感兴趣的文献和学习资料!!

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