GETx eQTL V10数据挖掘

GETx eQTL V10数据挖掘eQTL 的概念表达数量性状位点 expression quantitative trait locus eQTL 是一类能够影响基因表达量的遗传位点 主要都是单核苷酸多态性 SNP 可以直接理解为调控基因的 SNP

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eQTL的概念

表达数量性状位点(expression quantitative trait locus, eQTL)是一类能够影响基因表达量的遗传位点(主要都是单核苷酸多态性,SNP),可以直接理解为调控基因的SNP。

分析基因与疾病的关系离不开eQTL数据,而eQTL数据则离不开GETx数据库,现在GETx数据库的eQTL数据已经更新到V10版了(之前是V8版,没有V9的,现在直接跳到了V10),现在来分享一下如何利用GETx eQTL V10数据来做科研。

GETx eQTL V10数据的应用:

1、灌水发文章

2、干湿结合发文章

3、开题(筛选基因)

4、申请课题(筛选基因)

从数据下载到分析步骤如下:

1、GETx eQTL V10 eQTL数据的下载

(GTEx(https://www.gtexportal.org/home/))

GETx eQTL V10数据挖掘

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2、GETx eQTL V10 eQTL数据格式的整理(不是常规文本文件,使用代码转换成常规.txt文件)

GETx eQTL V10数据挖掘

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3、GETx eQTL V10 数据 ID转换(下载下来的数据没有这些ID的)

GETx eQTL V10数据挖掘

4、批量提取多个基因的eQTL数据与过滤

GETx eQTL V10数据挖掘

5、单个基因孟德尔随机化分析

GETx eQTL V10数据挖掘

6、多个基因孟德尔随机化分析

GETx eQTL V10数据挖掘

之前的eQTL数据分析结果不理想,可以考虑使用新的GETx eQTL V10数据来分析可能结果会发生重要的变化,直接帮助你顺利完成发文章、开题、申请课题。GETx eQTL V10数据的难点就是数据整理问题,需要对编程比较熟悉,同时需要配置非常高的电脑,对普通小白来说非常不友好。

如果你打算利用新的GETx eQTL V10数据来发文章、开题、申请课题,不妨可以按照上面的步骤来整理一下数据,然后进行分析。

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